Đầu sự nghiệp và giải vô địch quốc gia Thụy Sĩ

Vaclík khởi nghiệp chơi bóng trong màu áo FC Vítkovice tại Czech 2. Liga, ở đây anh thi đấu 4 mùa giải trước khi chuyển đến Viktoria Žižkov. Žižkov giành quyền thăng hạng lên Czech First League trong mùa giải đầu tiên Vaclík chơi cho câu lạc bộ, thu hút sự quan tâm của một số đội bóng. Tháng 7 năm 2011, Vaclík ký hợp đồng dài 3 năm với câu lạc bộ De Graafschap của Hà Lan,[2] tuy nhiên có thông tin cho biết anh không vượt qua được đợt kiểm tra y tế ở Hà Lan và sẽ quay về Praha.[3]

Vaclík thi đấu cho Žižkov trong nửa đầu Giải bóng đá vô địch quốc gia Séc 2011–12. Tháng 1 năm 2012, khi Žižkov rơi xuống đáy bảng xếp hạng với chỉ 7 điểm sau 16 trận, Vaclík chuyển đến Sparta Prague với mức phí được cho là 8,25 triệu CZK, ký một giao kèo giúp giữ chân anh tại câu lạc bộ đến hết hè 2016.[4]

Basel

Tháng 5 năm 2014 Vaclík ký hợp đồng với câu lạc bộ FC Basel của giải bóng đá vô địch quốc gia Thụy Sĩ với bản hợp đồng dài 4 năm.[5] Anh có trận ra mắt đội một vào ngày 19 tháng 7 năm 2014 trong trận thắng 2–1 trên sân khách trước Aarau.[6] Mùa giải 2014–15 là một mùa bóng cực kỳ thành công đối với Basel. Đây là chức vô địch quốc gia thứ 6 liên tiếp của họ[7] mùa giải đó và tại Cúp bóng đá Thụy Sĩ 2014–15 họ đã tiến đến trận chung kết. Nhưng ở mùa giải thứ ba liên tiếp, họ lại cán đích ở vị trí á quân bởi thất bại 0–3 trước FC Sion trong trận chung kết. Basel giành quyền dự Champions League ở vòng đấu bảng và lọt vào vòng đấu loại trực tiếp bởi vào ngày 9 tháng 11 năm 2014 họ đã giành được trận hòa 1–1 trên sân Anfield của Liverpool.[8] Nhưng rồi Basel để thua Porto ở vòng 16 đội. Basel thi đấu tổng cộng 65 trận (36 trận ở giải vô địch Thụy Sĩ, 6 trận ở Cúp Thụy Sĩ, 8 trận ở Champions League và 15 trận đá thử). Dưới sự dẫn dăt của Paulo Sousa Vaclík có tổng cộng 51 trận đá, 33 trận tại giải vô địch quốc gia, 8 trận ở Champions League, cũng như 10 trận đá tập.[9]